Programo en PHP 5 pero también manejo Action Script 2 y JavaScript.
Mis códigos estan orientados a objetos (PPO) y utilizo la arquitectura denominada ORM (Object Relational Mappping, gracias Maty) la cual consiste en 5 clases que interactuan entre si, controlando el flujo de datos del sistema.
También utilizo la clase de abstracción de manejo de base de datos PDO, la cual brinda solides, estabilidad, seguridad y puede conectarse a cualquier bases de datos con solo modificar un parametro.
Lo que resta del sistema tambien lo controlo con clases propias que heredan del ORM, hechos en el momento para cada situación o proyecto.
La estructura del sistema la manejo con módulos (simil a MVC), donde cada acción de un modulo (usuario->registrar) es un archivo dentro de una carpeta con el nombre del mismo (mod_usuario/registrar.php).
Los links y parámetros los manejo con mod_rewrite, dandole así seguridad al sistema contra ataques y ademas, siendo muy amigables con google y los usuarios. Claro que esto último es bajo pedido debido a su costo.
En cuanto a frameworks de JS me manejo siempre con Jquery, y las maquetaciones trato de no hacerlas yo, pero en ese caso uso divs y css con el sistema de 16 columnas de la mano del framework CSS 960.gs.
Cualquier duda más específica acerca de esto podes consultarme.